第二天清晨，董卓排列好仪仗随从，准备入朝。忽然看见一个道人，身穿青袍，头戴白巾，手里拿着一根长竿，上面绑着一丈长的布，布的两头各写着一个&bp;“口”&bp;字。董卓问李肃：“这个道人是什么意思？”&bp;李肃说：“这是个疯子。”&bp;于是呼喊将士把道人赶走。董卓进入朝堂，群臣都穿着朝服，在道路两旁迎接拜见。李肃手持宝剑，扶着董卓的车前行。到了北掖门，军兵都被挡在门外，只有二十多个御车的人一同进去。董卓远远看见王允等人各持宝剑站在殿门，惊讶地问李肃：“他们持剑是什么意思？”&bp;李肃没有回答，推着车径直进入。王允大声喊道：“反贼到了，武士在哪里？”&bp;两旁立刻冲出一百多人，手持戟和长矛刺向董卓。董卓里面穿着铠甲，长矛刺不进去，他手臂受伤，从车上坠落，大声呼喊：“我的儿子奉先在哪里？”&bp;吕布从车后厉声喊道：“有诏书讨伐贼臣！”&bp;一戟直刺董卓的咽喉，李肃早已割下董卓的头颅拿在手中。吕布左手拿着戟，右手从怀中取出诏书，大声呼喊：“奉诏讨伐贼臣董卓，其他人等一概不问！”&bp;将吏们都高呼万岁。后人有诗感叹董卓道：“霸业成时为帝王，不成且作富家郎。谁知天意无私曲，郿坞方成已灭亡。”
当时吕布大声喊道：“助纣为虐的，都是李儒！谁能把他擒住？”&bp;李肃应声愿意前往。忽然听到朝门外传来呼喊声，有人报告说李儒的家奴已经把李儒捆绑起来献了上来。王允命令把李儒押到集市斩首；又将董卓的尸首在大街上示众。董卓身体肥胖，看守尸首的军士把火放在他的肚脐中当作灯，油脂流了满地。百姓路过，没有不向他的头扔东西，用脚践踏他尸首的。王允又命令吕布同皇甫嵩、李肃率领五万兵马，到郿坞抄没董卓的家产和人口。
李傕、郭汜、张济、樊稠听说董卓已死，吕布即将到来，便率领飞熊军连夜逃奔凉州。吕布到了郿坞，先找到了貂蝉。皇甫嵩命令把坞中所藏的良家子女全部释放。只要是董卓的亲属，不论老幼，全部诛杀。董卓的母亲也被杀害。董卓的弟弟董旻、侄子董璜都被斩首示众。抄没坞中所积蓄的财物，黄金有数十万，白银有数百万，绫罗绸缎、珠宝、器皿、粮食，不计其数。这些情况回报给王允。王允于是大肆犒赏军士，在都堂设宴，召集众官，饮酒庆贺。
正在饮宴之时，忽然有人报告说：“董卓的尸体暴露在集市上，忽然有一个人趴在他的尸体上大哭。”&bp;王允发怒说：“董卓被诛杀，士民没有不称贺的；这个人是谁，竟敢独自哭泣！”&bp;于是呼唤武士：“给我把他抓来！”&bp;不一会儿，人被抓到。众官一看，无不惊骇：原来这个人不是别人，正是侍中蔡邕。王允叱责说：“董卓是逆贼，如今被诛杀，这是国家的大幸。你身为汉朝臣子，却不为国家庆贺，反而为贼哭泣，这是为什么？”&bp;蔡邕认罪说：“我虽然没有才能，也知道大义，怎么会背叛国家而向着董卓呢？只是因为一时受到他的知遇之恩，不自觉地为他哭了一场，自己知道罪大。希望您能原谅我：倘若能对我施以黥刑、砍掉双脚，让我继续完成汉史，来赎我的罪过，那就是我的万幸了。”&bp;众官爱惜蔡邕的才华，都极力营救他。太傅马日磾也私下对王允说：“伯喈是旷世奇才，如果让他继续完成汉史，实在是一件盛事。而且他的孝行一向显著，如果仓促杀了他，恐怕会失去人心。”&bp;王允说：“昔日汉武帝不杀司马迁，后来让他作史，结果导致诽谤之书流传后世。如今国运衰微，朝政错乱，不能让奸佞之臣在幼主身边执笔，使我们遭受他的诽谤议论。”&bp;马日磾无言而退，私下对众官说：“王允恐怕要断子绝孙了吧！善人，是国家的纲纪；著史，是国家的典章。毁灭纲纪，废弃典章，怎么能长久呢？”&bp;当时王允