仁轨直接反驳道：“仁轨当官不职，国有常刑，公以法毙之，无所逃命。若使其自决以快仇人，窃所未甘！”
刘仁轨不愿自尽，袁异式也没办法，只好将问题上报廷议。
廷议时李义府始终坚持“不杀刘仁轨，难安天下”的观点。由于其身份特殊，朝臣大多附和。但刑部尚书源直心认为，“海风暴起，非人力所及”，刘仁轨固然有错，但罪不至死。
源直心是唐高宗的亲信，他的话等于救了刘仁轨一命。识相的刘仁轨也表示，自己可以不做官，但求为国效力。于是唐高宗将他贬为庶民，发配至辽东军前效力。
李义府虽然不太满意朝堂的决议，但他认为刘仁轨既已参军，那就可以用军法杀他，这反而更便于自己发泄心头之恨。于是，刘仁轨刚上路，李义府就派人密令镇守泗沘城（今韩国扶余郡）的名将刘仁愿想办法以军法弄死他。
刘仁愿从前是弘文馆的学生，又做过唐太宗的亲卫，能文能武且为人正直。李义府这些年在朝中陷害忠良的事他有所耳闻。对于刘仁轨花甲之年尚到军中效力，刘仁愿既感动，又深知对方的无奈。因此对于李义府的密令，他置若罔闻。
朝鲜半岛上的战事瞬息万变。百济被苏定方消灭之后，协助唐军作战的新罗人出于旧恨，对百济故地发起了一波报复性的劫掠。这下百济遗民复仇及复国的火种被瞬间点燃。借助早年被送至倭国（日本）为质的百济王子扶余丰璋的声望，以黑齿常之、鬼室福信、道琛等人为首的百济旧部迅速发起复国运动。
却说唐军消灭百济后，在其故地上建立熊津都督府，管理属地的一切事务。本来刘仁轨参军是去支援熊津都督府建设的，但他还在路上时，熊津都督府就被百济遗民打得只剩下泗沘城。
雪上加霜的是，唐朝原本派驻的熊津都督王文度刚到任，便在传诏并赐物给新罗国王金春秋的仪式上突发暴病身亡，这使熊津都督府一度陷入群龙无首的状态。而苏定方大军再次入朝虽然连战连捷，但由契苾何力率领的北路唐军，却遭到高句丽权臣渊盖苏文的精兵牵制，无法与南路的苏定方会合。另一方面，就在唐高宗积极用兵高句丽时，唐帝国西北部的铁勒九姓却趁机发动叛乱，严重侵扰唐朝的边境安宁。
相较之下，百济的复国运动则进展神速。
百济灭国前就与倭国保持友好往来，此次扶余丰璋发起复国运动，又得到倭国皇极女皇的支持。作为历史上第一个提出征服中国的日本人，皇极女皇不仅为扶余丰璋提供军械、船舶，更主动御驾亲征，用实力为百济遗民加油打气。
围攻高句丽的战事一直拖到龙朔二年（662）底。因朝鲜半岛北部进入冬季后屡降大雪，苏定方等将只能带着遗憾撤出高句丽，回国休整。
此时，百济与朝鲜半岛南部唐军的战争一触即发，唐高宗一时找不到王文度的接替者，只好追加一道圣旨，升刘仁轨为检校带方州（今朝鲜开城）刺史，以代理官员的身份统领王文度的部属，守卫熊津都督府。
对于这项任命，包括李义府在内的大部分唐朝官员都认为，刘仁轨离死期不远了。毕竟身为文官，很少舞枪弄棍，更别提上阵杀敌了，这不是去送命么？可刘仁轨却欣喜若狂。接到任命后，他逢人就说老天爷要将富贵降在他身上了。在他看来，揍百济连带战日本，根本就如同探囊取物，信手拈来而已。
当时在朝鲜半岛南部，唐军虽然久无增援，但附庸的新罗始终不敢反唐。刘仁轨自上任之日起，就做好了经略熊津、以抗外敌的打算。面对倭国与百济旧势力的蠢蠢欲动，他一方面“御军严整”，积极寻求与新罗王室的合作，率领唐罗联军攻破百济在熊津江口设立的大本营，“杀、溺死者万余人”。另一方面，面对军中、朝中渐起的撤军之声，他向全军分析形势指出，若现阶段唐军撤出战斗，则前人数征高句丽的努力将彻